Кандидат технических наук, доцент Медведев Виктор Георгиевич (1988-1993 гг.) - декан гидромелиоративного факультета.

Кандидат технических наук, доцент Николаев Геннадий Константинович (1993-1998 гг.) - декан гидромелиоративного факультета (с 1995 г. - факультета водохозяйственного строительства).

Кандидат технических наук, профессор Варывдин Владимир Васильевич (1998-2003 гг.) – декан факультета природообустройства.

Кандидат технических наук, доцент Спиридонов Владимир Константинович (декабрь 2003 г. – июль 2004 г.) – декан факультета инженеров АПК и природообустройства.

Кандидат технических наук, профессор Лумисте Елена Геннадьевна (июль 2004 г. – декабрь 2006 г.) – декан факультета инженеров АПК и природообустройства.

Кандидат технических наук, профессор Лаптев Валерий Александрович (декабрь 2006 г. – октябрь 2013 г.) - декан факультета энергетики и природопользования.

Кандидат технических наук, доцент Капошко Дмитрий Александрович (октябрь 2013 г. – май 2017 г.) - директор института энергетики и природопользования.