Высшим руководящим органом СНО является общеакадемическое собрание членов СНО.

В периоды между собраниями его работой руководит Совет СНО, который работает в тесной связи с кафедрами.

Совет СНО избирается сроком на один год в составе: председателя, заместителя председателя, секретаря и членов, количество которых определяет собрание.

Председатель совета СНО участвует в заседаниях Ученого совета академии, посвященных вопросам НИРС.

Совет СНО включает себя советы СНО факультетов.